تعدد گمرکات، بخشنامههای متعدد که گمرک ملزم به اجرای آن است، ۶۰متولی تجارت خارجی و حجم بالای قاچاق از مبادی رسمی مهمترین چالشهای دریچه تجارت خارجی کشور است. از سوی دیگر رسوب کالا و استقرار گمرک بهمنظور ساماندهی مبادی و اسکلههای غیرمجاز نیز این دستگاه اجرایی را با مشکلاتی مواجه ساخته است.
براساس جزئیات اعلام شده از جلسه معاون اول رئیس جمهور با نمایندگان دستگاههای اجرایی، مقرر شده است که روز آینده نمایندگان سازمان استاندارد، صمت و اموال تملیکی به هرمزگان بروند و مشکلات بررسی شده را تعیین تکلیف کنند.
به عقیده کارشناسان فرآیندهای فعلی در واردات کالا نیاز به اصلاحات اساسی داشته و فقط از این طریق میتوان از اتلاف منابع ارزی جلوگیری کرد، نمایندگان مجلس نیز معتقدند دولت باید در ارائه لایحه پیشگیری از رسوب کالاها به مجلس، تسریع کند.